Как часть китайской медицины цигун существует более семи тысяч лет. На возникновение этого направления повлиял даосизм. Даоские монахи рассматривали систему дыхательных и двигательных упражнений как одну из сторон космологических и физиологических представлений. Врачи в Древнем Китае на основе цигуна разрабатывали методы лечения.
В течение многих веков цигун совершенствовался, развивался, возникало множество школ. В прошлом веке в цигуне стали выделять несколько направлений: лечебный цигун, боевой, философский и религиозный. Относительно недавно решились обозначить еще два направления — цигун для позвоночника и цигун для похудания.
Собственно, если сторонники конфуцианства используют практики цигуна для улучшения моральных качеств, то в России отдали предпочтение оздоровительному цигуну.
Несмотря на богатую историю, само название «цигун» появилось только во второй половине ХХ века, в 1958 году. Термин употребил Лю Гуйчжэнь в своей книге «Практический курс цигунотерапии». В 1940–1950 годах китайское правительство пыталось соединить и регламентировать различные духовные практики и школы, но их усилия потерпели неудачу. Сегодня гимнастика цигун очень популярна в Китае и считается частью китайского спорта в его традиционном виде. Население Поднебесной занимается ею на площадях города.